芬園寶藏寺原為三開間，兩進兩廊雙護龍的寺廟建築，前殿三川為斷簷升箭口的形式，意義非凡，屋脊脊飾精美且特別高大，與一般寺廟迥異，三川殿上的龍虎堵，以泥塑為材手藝高超、寺内大木結構及細木雕刻，其紋路及雕鑿手法，頗具粤派匠師之細緻風格，值得深入欣賞和研究。

    民國七十四年(西元1985年)十二月二十七日，由內政部評定公告為台閩地區第三級古蹟。

    民國八十四年(西元1995年)爭取政府經費補助大肆整修，除將原有之院落重新翻修之外，並擴建廟前之景觀，增建鐘鼓樓及戲台，並將原位於後殿之觀音佛祖，改奉於正殿為觀音殿，並將天上聖母移駕於後殿為媽祖殿，同時於媽祖殿左祀地藏王菩薩，右祀註生娘娘，後殿之左前廂奉祀太歲星君，後殿二樓正祀玉皇大帝，左祀文昌帝君、右祀關聖帝君，且將原設於右二廂房之「義民祠』獨立建祠供奉於廟之右側。寺内整體建設煥然一新，寺外美化花木扶疏，配合廟後山坡上之交通部觀光局參山國家風景區管理處委託經營管理的遊憩區，前呼後應一氣呵成，蔚為生氣盎然之嶄新風貌，亦為宗教旅遊的觀光聖地。