寶藏寺之創建，依碑文所載，原為供奉觀音佛祖之小寺，建於康熙十一年(西元1672年)，傳言雍正元年(西元1723年)，芬園地區曾大鬧瘟疫，適逢鹿港天后宮媽祖遶境經過寶藏寺，曾暫駐駕本寺，為民紓困，因而增設聖母祠加奉天上聖母－媽祖。

寶藏寺歷經乾隆、嘉慶兩朝，長期的歲月風霜，又逢地震天災的破壞，棟宇傾圯楹桷朽壞，供奉觀音佛祖、天上聖母神像座位，僅避風雨。

因此在道光二十八年(西元1848年)，由地方士紳倡修寶藏寺，雕牆舟楹刻桷巍峨，廟貌煥然改觀。

光緒十五年(西元1889年)，張赤金再倡議增設義民祠，奉祀李洋等四十九位義民於寺內。

歷年來寶藏寺履經地方士紳、各庄信士樂助喜捐，鳩工整修奠定了今日廟宇之雛形。

民國五十二年(西元1963年)，再由地方士紳彰化縣議員張龍池倡捐，於後殿增建玉皇大帝殿，且因寺廟年久失修，乃倡議成立重建委員會，並於民國六十年(西元1971年)重修完成。

民國七十四年(西元1985年)十一月二十七日，奉內政部七四台內民字第三五七二七二號，公告為台閩地區第三級古蹟。

民國八十四年(西元1995年)，爭取政府經費補助大肆修整，除將原有之院落重新翻修之外，並擴建廟前之景觀，增建鐘鼓樓及戲台，並將原位於後殿之觀音佛祖，改奉於正殿，並將天上聖母移駕於後殿之媽祖殿，同時於媽祖殿左祀地藏王菩薩，右祀註生娘娘，後殿之左前廂奉祀太歲星君，後殿二樓正祀玉皇大帝，左祀文昌帝君、右祀關聖帝君，且將原設於右二廂房之『義民祠』，獨立建祠供奉於廟之右側。

寺內整體建設煥然一新，寺外美化花木扶疏，配合廟後山坡山坡上之交通部觀光局參山國家風景區管理處委託經營管理之遊憩區，前呼後應一氣呵成，蔚為生氣盎然之嶄新風貌，亦為宗教旅遊的觀光聖地。

本寺創建三百多年來，香火鼎盛，已為地方之信仰中心，結合宗教文化、社教及地方公益活動的推動不遺餘力，有感神明慈悲，十方善信財，基於善款善用之善念，本寺除積極擴充廟地及週邊建設外，每年更策劃舉辦各項活動，如元宵節提燈踩街猜燈謎、寒冬送暖、補助鄉內各級學校學童獎助學金。